هیأت امنای انجمن فارغ‌التحصیلان از ۱۰۱ نفر عضو اصلی و ۲۰ نفر عضو علی‌البدل از فارغ‌التحصیلان و اعضای هیأت علمی دانشگاه تشکیل می‌شود. رییس دانشگاه نیز خود عضو و رئیس این هیأت است. هیأت امنا برای مدت 3 سال در سه گروه توسط مجامع دانشکده‌ها‌‏، اعضای هیأت امنای دوره قبل و رییس دانشگاه انتخاب می‌شوند. از وظایف اصلی هیأت امنا تعیین سیاست‌های کلی انجمن و انتخاب اعضای هیأت اجرایی و بازرسان است.